BUG: Fix Makefile dependencies broken by cellprofiler rules refactor

Makefile

@@ -28,7 +28,8 @@ SOURCES_cellprofiler_common := $(SOURCES_cellprofiler_filelist)	\
 	$(SOURCES_cellprofiler_img)
 SOURCES_cellprofiler_gui := $(SOURCES_cellprofiler_common)	\
 	$(SOURCES_cellprofiler_pipe)
-SOURCES_cellprofiler_batch := $(SOURCES_cellprofiler_common)
+SOURCES_cellprofiler_batch := $(SOURCES_cellprofiler_common)	\
+	$(SOURCES_cellprofiler_pipe)
 TARGETS_cellprofiler_batch := results/cellprofiler/Batch_data.h5
 SOURCES_cellprofiler_commands := $(TARGETS_cellprofiler_batch)
 TARGETS_cellprofiler_commands := results/cellprofiler/batch_commands.sh
@@ -103,11 +104,11 @@ $(call singleton,$(TARGETS_cellprofiler)) : $(SOURCES_cellprofiler_headless)
 $(TARGETS_cellprofiler_commands) : $(SOURCES_cellprofiler_commands)
 	$(TIME) $(CELLPROFILER) $(CELLPROFILER_OPTS_HEADLESS) --get-batch-commands=$< | sed 's#^CellProfiler#$(CELLPROFILER)#' | sort -nk 8 > $@
 
-$(TARGETS_cellprofiler_batch) : $(SOURCES_cellprofiler)
+$(TARGETS_cellprofiler_batch) : $(SOURCES_cellprofiler_batch)
 	$(TIME) $(CELLPROFILER) $(CELLPROFILER_OPTS_BATCH)
 
 .PHONY : gui-cp
-gui-cp : $(SOURCES_cellprofiler) ## Interactively run CellProfiler.
+gui-cp : $(SOURCES_cellprofiler_gui) ## Interactively run CellProfiler.
 	$(CELLPROFILER) $(CELLPROFILER_OPTS_GUI)
 
 .PHONY : gui-cpa